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美国:绘制出番茄果肉基因表达的时空地图
日期:2018-03-13 作者:编译:王爱玲 来源:农科智库 点击:
     美国科学家绘制出一张关于番茄果肉全部组织和生长阶段基因表达的时空地图,这些遗传信息解释了番茄果实成熟过程中由内而外的变化。该研究成果在线发表于1月25日的《自然通讯》,研究数据可通过在线番茄表达地图(Tomato Expression Atlas,TEA)获得。
    博伊斯汤普森研究院的科研人员从随机挑选的60多个番茄植株中采集了400多个样本,小心地分解了番茄组织,并用激光捕获显微切割技术把RNA从个体组织甚至细胞中分离出来并测序。接着,对测序数据进行编辑、解析,并包括进TEA中,制作出分辨率最高的番茄果实生长过程转录组时空地图,这样就能通过分析数据来研究果实生长发育中非常重要的生物过程。
    TEA数据库提供了前所未有的互动方式,使复杂、多维的表达数据变得形象化。TEA的图像界面能通过热图和果实图像使基因表达可视化。科研人员用这张地图找到了两种相互作用并能共同调节果实激素信号传导的蛋白质。这是公开发表的、利用TEA实现的研究成果之一。
    在对番茄数十年的研究中,已经摸清了许多生物过程,而TEA则可以用高分辨率图像描绘出这些过程,帮助研究人员更快确定番茄和其他水果中许多重要的、有价值特征的遗传基础。(来源:Eurekalert   北京市农林科学院农业信息与经济研究所报道)
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