消减杂交(subtractive hybridization,扣除杂交) 是差别杂交的改进，用过量的参照细胞的mRNA 或CDNA 与目的细胞的CDNA 或mRNA (目的序列) 杂交，形成的RNA CDNA 杂交体是两种细胞共有的，将其扣除。剩下的CDNA 或mRNA 可以标记成消减探针，并从CDNA文库中筛选目的克隆，可构建消减文库(subtractive libiary)。

消减杂交是指利用不同组织、细胞或不同状态下组织、细胞基因表达的差异性，并结合核酸杂交建立的克隆差异表达基因的技术。

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